¿Se pueden crear carpetas que no sean visibles para el empleado en el Gestor Documental?

Sí. Al crear una carpeta que sea del tipo 'múltiple carpeta por empleado', podrás activar la opción de 'Ocultar para el empleado'. De esta manera, esa carpeta existirá en el perfil del empleado pero no será visible para él o ella. Tan solo tendrán acceso a esta carpeta los roles superiores. En esta carpeta oculta podrán almacenar documentos relacionados con el empleado o empleada sin que este tenga visibilidad de los mismos.