¿Puedo eliminar una solicitud de vacaciones que ya tenía aprobada?

Sí, siempre y cuando el día solicitado aún no haya transcurrido.

Se podrá eliminar el día de vacaciones tanto si ha sido aprobada (clicando en el día en tu calendario, te saldrá la ventana donde te dará la opción para poder eliminarlo) 

como si aún está pendiente de aprobar (en tu sección "Historial de solicitudes de vacaciones")

Se creará una solicitud de cancelación y volverá a tu cómputo de vacaciones en cuanto tu administrador la acepte, de este modo podrás volver a solicitarlas cuando las necesites.